Su estado de conservación en general es bueno.
Un factor de riesgo son los contaminantes orgánicos procedentes del turismo ocasional en la época veraniega.
También son susceptibles a la contaminación por hidrocarburos procedentes del tráfico marítimo oceánico, hay un riesgo de contaminación procedente de la ría, la sobreexplotación de recursos, el uso de artes y técnicas de pesca dañinas para el medio marino.
Los hábitats prioritarios son:
-Arrecifes
-Bancos de arena cubiertos permanentemente por agua marina poco profundos
-Lagunas
Se conocen en los archipiélagos:
412 especies de flora con fuerte componente mediterráneo
55 son endemismos, en general hay especies de gran interes por ser de área más o menos reducida o por ser plantas propias de los ambientes más característicos de las islas, acantilados, playas, dunas, incluso marisma-laguna.
En cuanto a la fauna se han contabilizado:
150 especies de vertebrados, de las cuales 124 son aves.
Se han citado 63 invertebrados protegidos en Convenios Internacionales.
En la mayoría de las islas que forman el parque el principal problema para la conservación ha sido la presión humana, especialmente en Ons y Cíes.
En cuanto a la vegetación, las plantaciones de eucalipto y pinos desplazan a la vegetación potencial de la zona, Rusco aculeati-Quercetum roboris, la colonización de plantas alóctonas de crecimiento muy rápido y muy invasivas desplazan a las autóctonas dando lugar a una situación preocupante especiamente en los complejos dunares de gran valor botánico.
El pisoteo es también uno de los problemas que presenta la vegetación de playa, afectando de forma preocupante al cordón dunar de Rodas (Cíes) y al complejo Figueiras-Muxieiro, éste último junto con el arenal de Nosa Señora (Cíes) constituyen dos de los valores más sobresalientes de las islas, ya que poseen una serie de plantas de indudable valor como son Corema album y Armeria pungens.
Actividades pesqueras y marisqueras
La pesca es una actividad tradicional en toda la costa gallega debido a la riqueza de sus aguas en determinadas especies muy apreciadas para su consumo, especialmente el marisco.
En todos los archipiélagos incluídos en el Parque Nacional se ejerce la actividad del marisqueo que está controlada y sometida a una serie de limitaciones.
Así, solo se permitirá la explotación de los recursos naturales marinos, de la pesca y el marisqueo artesanal tradicional de carácter profesional, cualquier otro tipo de pesca estará prohibido. La finalidad de estas limitaciones es conseguir una pesca sostenible.
Actividades turísticas y recreativas
Es otra de las actividades que se realizan, especialmente en las Islas Cíes y Ons.
Estas actividades están limitadas y se permitirán solo aquellas que garanticen el equilibrio de las poblaciones animales o vegetales, así se limitará la época de afluencia de los visitantes y el número de los mismos con el fin de evitar el deterioro de la vegetación por pisoteo o de las especies marítimas por otras causas.
Se imponen una serie de restricciones en zonas determinadas que se consideren más vulnerables, los grupos serán acompañados por guías y circularán solo por los senderos permitidos para causar el menor daño posible al medio.
La navegación y fondeo de embarcaciones y el buceo con botellas se realizará a través de autorizaciones y estará controlado.>
