Las Islas Cíes se encuentran a la salida de la Ría de Vigo, pero las condiciones de insularidad modelan su clima de forma completamente diferente al del interior de la ría, siendo más sérico, las Cíes se caracterizan por un ombroclima subhúmedo.
El resto de los archipiélagos, Ons y Sálvora y la isla de Cortegada tienen un ombroclima húmedo.
El archipiélago de Ons se sitúa a la entrada de la Ría de Pontevedra y el de Sálvora en la de la Ría de Arousa.

La geología y el clima condicionan el paisaje y así la existencia de unas determinadas especies tanto de flora como de fauna.
Corresponde a un clima entre mediterráneo húmedo y oceánico, con temperaturas medias entre 12 y 16 ºC, precipitaciones entre 900 y 1600 mm.
La litología dominante se alterna entre el dominio esquistoso (micaesquistos y cuarzoesquistos), el granítico y el gnéisico.
Las costas son muy irregulares y abruptas con numerosos acantilados y depósitos arenosos.

El medio marino sorprende por la claridad de sus aguas.
En general son frías, aunque tienen un ligero aporte cálido por la corriente del Golfo.
La amplitud de la marea llega a los 4 m, alternando una pleamar con una bajamar cada 6 horas y 12 minutos. Las condiciones de salinidad y de temperatura de estas aguas determinan su riqueza en recursos tróficos, aparte de estos parámetros hay que considerar también los hidrodinámicos como las mareas.
Se produce un fenómeno muy interesante, el afloramiento que se debe a un flujo hacia el exterior de agua superficial generado por los vientos dominantes y las circulaciones estuáricas, así las aguas inferiores, ricas en nutrientes, se desplazan hacia arriba, causa de la riqueza pesquera de estas aguas.

Tienen un gran valor paisajístico, vistas de las rías o de las islas vecinas, imágenes marinas de rompientes, furnas o puestas de sol, roquedos de granito modelado por la erosión.
Los paisajes submarinos son bastante interesantes, las caras occidentales u oceánicas de todas las islas con paredes verticales, bajos, furnas y especies de gran interés, sin olvidar la franja infralitoral que circunda a algunas islas.

El medio marino se presenta como muy interesante desde diferentes puntos de vista. Por un lado su importancia botánico-faunística radica en su carácter insular y en la presencia de comunidades típicas atlánticas. Sus formaciones geomorfológicas y su potencial como lugar para la realización de prospecciones arqueológicas completan su valor científico. Desde otro punto de vista, su potencialidad como lugar turístico y la riqueza en especies de gran interés comercial complementan su importancia desde el punto de vista económico.

Supralitoral
La franja supralitoral o zona de la costa que no queda sumergida por la marea alta pero que se ve afectada directamente por la acción del mar al verse salpicada por el oleaje aparecen prácticamente desnudas. La presencia de vida se limita al cinturón formado por el liquen negro (Verrucaria maura) y por la presencia de algas del género Lichina y del gasteropodo Littorina neritoides. Este último se encuentra asociado la presencia de algas de las que se alimenta.

Intermareal
El intermareal zona que limita por arriba con el máximo nivel alcanzado por la pleamar y por debajo con el nivel mínimo del agua en bajamar. En las zonas expuestas de sustrato rocoso aparecen los típicos horizontes formados por comunidades de balanomorfos (Balanus sp. y Chthamalus stellatus) junto con pequeños mejillones (Mytilus galloprovincialis). Sobre estos aparecen organismos epífitos como los percebes (Pollicipeps cornucopia) y pequeñas algas rojas. En el litoral inferior aparecen algas calcareas como Corallina elongata. En zonas protegidas se incrementa la variedad de especies. Los mejillones se hacen más comunes y más grandes. Por otro lado los cinturones de algas aumentan en biodiversidad siendo frecuentes las siguientes: más cercana a la costa es común Lithophyllum incrustans, según nos acercamos al infralitoral aparecen cinturones de Himanthalia elongata y ya pegando al infralitoral aparecen los cinturones de Laminaria.

Infralitoral
En el infralitoral debemos hacer ya una clara distinción entre los organismos que viven en relación con el sustrato (bentónicos) y los que viven flotando en la columna de agua (pelágicos). Sobre todo para los primeros siguen siendo importantes los factores de exposición y de sustrato.

También aparecen con frecuencia otras algas, entre las que destacaremos Litophyllum incrustans en las zonas superiores de los terrenos más expuestos. En cuanto a la fauna seguimos encontrando en las zonas más expuestas los característicos balanos y percebes (recordemos también presentes en las zonas superiores) y los mejillones, tanto más abundantes cuanto más protegida es la zona. Junto a estos aparecen ahora si un conjunto de especies nuevas, que se asientan sobre las anteriores, usándolas en algunos casos como sustrato sobre el que asentarse, o estableciendo en otros relaciones de depredación o herbivorismo. Es este el caso de estrellas de mar como Marthasterias glacialis que se alimentan de mejillones o de los erizos comunes (Paracentrotus lividus) reguladores de los bosques de algas.

También asociados al fondo aparecen algunos peces como el rodaballo (Scophthalmus maximus). Algunos peces comerciales como las lubinas usan estos medios. Las algas calcáreas del género Lithotamnion forman estructuras intrincadas en estos fondos blandos, que constituyen zonas de refugio para muchas especies, en algunos medios del archipiélago de Sálvora es una fanerógama la que forma estos refugios, es la Zostera marina, en sus praderas también se refugian las sepias y las centollas.
Por último y como visitantes ocasionales aparecen especies de medusas y otros Cnidarios, asi como algunos Ctenóforos. Estos animales son arrastrados por las corrientes apareciendo a veces varados en las costas.
Es un caso particular el de la Laguna dos Nenos en Cíes y que hay que mencionar, en ella aparece un medio sumergido más o menos fangoso caracterizado por la presencia de la fanerógama Zostera marina.
Especial mención también debe tener la presencia de cetáceos. Se avistan en estas costas delfines, en especial el mular (Tursiops truncatus), las manadas observadas en estas costas según datos de CEMMA pueden ser las mayores registradas en Europa. También se avistan ballenas y marsopas (Phocoena phocoena), según la Comisión Ballenera Internacional la población observada en las costas de las Islas Atlánticas puede tratarse de una subespecie teniendo en cuenta sus características diferenciales respecto de otras avistadas en Europa, por ejemplo el gran tamaño que alcanzan, más de 2 metros de longitud, siendo el tamaño europeo entre 1,5-1,8 m.
Otros visitantes ocasionales son las tortugas laúd (Dermochelys coriacea) y los inofensivos tiburones peregrinos (Cetorhinus maximus).>